Longe no espaço, na órbita de um dos planetas, havia uma espaçonave na qual havia um laboratório em que experimentos eram realizados em vários animais. Eles foram injetados com DNA alienígena e viram como eles mudaram. Como na base, a conexão desapareceu e os soldados foram enviados para lá do Star Assault. Nós seremos um deles no jogo Attack on the Mothership. Nosso personagem está armado com uma munição padrão. Sua tarefa é penetrar na nave e descobrir o que aconteceu lá. Como se viu, toda a tripulação se transformou em monstros e agora você tem que entrar em batalha com eles. Usando suas armas, você deve rapidamente e efetivamente destruir todos os monstros que você encontrará no convés do navio.