No Japão antigo, houve uma guerra constante entre duas castas de guerreiros - samurais e ninjas. Você no jogo Ninja Runner vai lutar ao lado da Ordem dos Ninjas. Seu personagem recebeu uma ordem do chefe da ordem para realizar reconhecimento em uma floresta, onde os destacamentos samurais podem se esconder. Seu herói corajosamente mergulhou na floresta e correu ao longo do caminho. Muitos perigos e armadilhas o aguardam em seu caminho. Você controlando seu personagem terá que fazê-lo pular e não cair nessas armadilhas. Se você se deparar com soldados inimigos, você terá que destruí-los todos com a ajuda de uma espada. Apenas colete os vários itens que caem em seu caminho.