Na cidade de Zveropolis, uma epidemia é violenta, que é transportada por gotículas aéreas. O coelho Judith também pegou a infecção e agora sua garganta está muito dolorida. Tendo estado doente por vários dias e percebendo que não vai melhorar, decidiu ir ao hospital. Você no jogo Judy Throat Doctor será seu médico assistente. A primeira coisa que você precisa fazer é examinar a garganta de Judith e diagnosticá-la. Em seguida, usando vários dispositivos médicos e medicamentos, você iniciará o tratamento. Para facilitar este processo, há uma sugestão no jogo que lhe dirá a ordem e seqüência de suas ações.