Hoje o famoso destacamento Ji Ai Joe tem que fazer muito e estamos no jogo G. I. JOE: Pursuit Of Cobra irá ajudá-los nisso. No início do jogo você terá que escolher sua primeira missão. Você pode ir para o norte ou para a selva. Em cada missão você terá que encontrar a base de terroristas e destruí-la. Ao redor da base serão montados esquadrões de segurança com os quais você entrará em batalha. Você terá que destruí-los com suas armas de fogo e explosivos. Depois de matar inimigos, colete armas e munições que ajudarão você na tarefa.