Perto de uma cidade, um objeto voador não identificado caiu de onde estranhas larvas alienígenas apareceram. Eles se movem pelo ar e atacam humanos. Todos que foram capturados por eles através do tempo se transformaram em monstros. Um esquadrão de super migalhas veio em socorro dos habitantes da cidade e você no jogo Powerpuff Girls: Smashing Bots irá ajudá-los nesta batalha. Na frente de você na tela será visto as larvas que agarraram as pessoas e pairam no ar. Nossas heroínas voando pelo ar terão que destruir as larvas. Você tem que controlar seu vôo e fazê-los destruir as larvas.