As tartarugas ninjas retornaram de sua próxima missão e descobriram que seu professor Splinter estava desaparecido. Em Manhattan, ultimamente inquieta, havia muitos mutantes e alguém por trás deles. Uma equipe de tartarugas já havia frustrado vários planos vilões e o inimigo invisível decidiu se vingar cruelmente sequestrando seu sensei. Selecione o personagem que primeiro vai para a batalha com os mutantes. Leonardo é o mestre das lutas de katan, o líder da equipe Raphael manipula habilmente os Sayes, Donethello usa uma equipe especial e Michelangelo prefere nunchaku.