Uma vez que os portões infernais já estavam trancados, mas espíritos malignos não abandonaram a esperança de libertar o caminho de novo e conseguiram depois de muitos anos. Desta vez, eles abriram um portal em Marte na esperança de que os humanos não pudessem encontrá-lo imediatamente. Mas Marte já foi colonizado, numerosos laboratórios biológicos se estabeleceram, e uma massa de cientistas tem trabalhado, todos eles foram submetidos ao cruel ataque de monstros. Sua equipe radical deve destruir os monstros em Doom 3 e você não precisa ter experiência. Vá para o planeta vermelho e tenha cuidado, os monstros se tornaram mais inteligentes e mais fortes.