No mundo dos pixels começou o fim do mundo. Não se sabe de onde vieram as hordas de mortos vivos, que agora estão atacando pequenas cidades e matando pessoas e transformando-as em outras semelhantes. Mas havia pessoas corajosas no mundo que pegaram em armas para defender seus assentamentos. Você no jogo Pixel Shot será um deles. Seu personagem terá que correr pelas ruas da cidade e encontrar todos os zumbis. Com a ajuda de suas armas poderosas, ele atirando neles será capaz de destruir todos os monstros. No caminho, ele terá que coletar vários itens que irão ajudá-lo na luta contra os mortos-vivos.