Ben 10 não é estranho à chegada de outro grupo de alienígenas que querem caluniar terráqueos. Mas desta vez em Ben 10 Omnitrix Shadow, as coisas ficaram muito mais sérias. Os alienígenas foram liderados por um cavaleiro de armadura preta, ele lançou um fluxo de energia em Ben, infectando o sujeito com energia escura. Então os intrusos saíram rapidamente. Um vírus sombrio se instalou no herói, que com o tempo o transformará em um monstro do mal, como todos aqueles que estão no omnitrix. Para corrigir a situação e se livrar do vírus, você precisa encontrar os três vilões e destruí-los. Ajude o personagem a se tornar ele mesmo novamente e evite a transformação.