Para devolver a liberdade ao seu povo, você, como o guerreiro mais bravo e corajoso, terá que ir para o mundo das trevas e lutar contra aquele que espalha as trevas sobre suas terras. Paralelamente ao nosso mundo, existe um mundo escuro, é quase igual ao nosso com cidades, continentes, estados, mas a escuridão reina ali. Você encontrou um portal que o transportou para as terras sinistras e partiu em uma jornada por elas até chegar ao cavaleiro sangrento de Eidolon, que é o culpado pelos problemas que se abateram sobre seu povo. Você visitará a obscura Europa e o antigo Egito, onde o tempo parou e o país é governado pelo malvado Faraó. Lute contra monstros enquanto eles formam o exército do vilão em Hexen II.