Undying Contra inspirou os criadores do jogo Rogue Trigger com a ideia de novas aventuras de um bravo guerreiro solitário que, com o melhor de sua modesta força, luta contra o terrorismo mundial. Ele terá que se infiltrar em uma base militar inimiga. Onde armas biológicas secretas estão sendo desenvolvidas. De acordo com a inteligência, lá estão sendo feitos experimentos em animais, com o objetivo de transformar os animais em soldados obedientes e usá-los contra os inimigos. Nosso herói deve se infiltrar na base e quebrá-la em pedaços. Mas as abordagens ao objeto são bem protegidas. Você terá que conhecer dezenas de lutadores bem treinados. Eles atirarão de todos os lados e apenas agilidade, destreza, velocidade de movimento e tiro preciso ajudarão o personagem a sobreviver e completar a tarefa.