A aparência muitas vezes engana, se você olhar para o herói do jogo MR Bullet, você pensará que esta é uma pessoa inteligente e agradável em um terno elegante com gravata e um penteado cuidadosamente estilizado. Certamente ele trabalha em um escritório ou está engajado no ensino e você estará cruelmente enganado. Na verdade, diante de você está um assassino cruel, prudente e implacável que matará qualquer um por um dinheiro muito bom. Embora ele também tenha seu próprio Código de Honra: ele não toca em mulheres e crianças. Desta vez, sua ordem é uma gangue yakuza que apareceu na cidade e está tentando expulsar os grupos mafiosos locais. Um deles contratou nosso herói e você o ajudará a eliminar todos os ninjas em MR Bullet.