O menino ninja quer provar ao professor que está pronto para grandes desafios e que pode ser encarregado de tarefas de responsabilidade. No jogo Ninja Boy Flying, ele foi secretamente para uma área perigosa habitada por ladrões e todo tipo de elementos criminosos. O herói pretende executá-lo em alta velocidade e, onde for necessário superar grandes obstáculos, usará o vôo planado. Os inimigos correrão em sua direção e você pode pular sobre eles ou eliminá-los com um arremesso hábil de um shuriken - uma estrela de aço com bordas afiadas. Você tem que reagir rapidamente aos obstáculos e decidir ainda mais rápido como superá-los em Ninja Boy Flying.