O herói profissional e autoconfiante do jogo Ninja Frog Runner é um sapo ninja. Tendo amarrado um curativo na cabeça, o sapo se imagina invencível e você ajudará a provar isso para todo o mundo virtual. Para fazer isso, você precisa ir até o fim, respeitando o limite de cinco minutos. O herói será impedido de todas as maneiras possíveis por várias criaturas: agáricos-moscas raivosos, uma lebre rosa galopante anormal e um papagaio azul com um bico enorme tentarão atacar de cima. E este é apenas o começo. Além disso, serras afiadas giram nas plataformas, existem muitos poços com água ou lava. Colete bagas, incluindo quebrar blocos marrons em Ninja Frog Runner.