Toda a equipe da Mystic Investigation Agency deve estar envolvida no jogo Scooby-Doo e Guess Who? Caos Monstruoso. O fato é que todos os monstros escaparam do Museu Fantasma em Crystal Bay e somente a equipe de Scooby-Doo e seus amigos podem capturar e, o mais importante, destruir os fugitivos. Mas eles precisam do seu poder, não como caçador de monstros, mas como comandante-chefe de uma estratégia de defesa. À sua frente está cada membro da Agência, e um caminho se estende a partir dele. Monstros saem pela porta e podem se mover por qualquer caminho. Abaixo, escolha maneiras de detê-lo e colocar monstros em seu caminho em Scooby-Doo e Guess Who? Caos Monstruoso.