Parece não haver gravidade para os ninjas em Flip Ninja. Ele pode pular e depois cair com a mesma agilidade, sempre ficando firme em ambos os pés. Portanto, pular em si não é um problema para ele, mas o que está no espaço se tornará um teste. Shurikens afiados e outros objetos perfurantes e cortantes voam da esquerda e da direita. Você precisa escolher o momento em que o caminho está livre e só então pular. Para cada salto bem sucedido você ganhará um ponto, e se conseguir pegar uma fruta: vermelha ou verde, você ganhará três pontos de uma vez em Flip Ninja.