Existem os chamados peixes voadores, mas eles não voam no céu como os pássaros, mas só podem pular fora da água por um curto período de tempo. A heroína do jogo Flappy Fish é um peixe-palhaço comum que se encontra em uma situação difícil. Ela decidiu mudar sua radiestesia porque onde ela morava antes a situação havia piorado muito. A água fica entupida, as plantas subaquáticas não se desenvolvem, tudo morre e é cada vez mais difícil encontrar comida. Isso obrigou os peixes a irem em busca de uma vida melhor. Mas no caminho surgiram obstáculos terríveis em forma de âncoras com correntes. O pobre nunca viu nada assim antes. Você terá que percorrer este caminho entre âncoras afiadas e deverá ajudar os peixes em Flappy Fish.