Nas guerras actuais, a ênfase está na tecnologia moderna e os mísseis de diferentes alcances são de particular valor. Eles estão se tornando mais precisos e destrutivos, e você terá que controlar alguns dos tipos de mísseis em Boom Missile 3D. A tarefa é acertar o alvo na ilha. A inteligência informou e os guerrilheiros ajustaram o alvo. Basta apontar o míssil e manobrar, pois o inimigo tentará derrubá-lo de qualquer maneira. Tudo o que voa em sua direção é uma ameaça, até mesmo balões inofensivos. Desvie e mova-se em direção ao alvo até que ocorra um grande estrondo. Em cada nível você atingirá alvos de dificuldade variada no Boom Missile 3D.