Nos tempos antigos, as pessoas não tinham um único deus; elas acreditavam em deuses diferentes, cada um dos quais era responsável por sua própria direção. Os eventos do jogo Pyramid Puzzle acontecem na antiga Yegopt, durante a época da lendária Rainha Cleópatra. Ela quer descobrir como o faraó recentemente falecido tinha habilidades especiais e se o grande deus Rá estava envolvido nisso. A rainha envia sua fiel empregada Hanna para descobrir os segredos do faraó, mas para isso ela precisa penetrar dentro da pirâmide e até visitar salas secretas, cuja entrada está fechada para estranhos. Ajude a garota a completar a tarefa. A rainha está aguardando os resultados e ficará infeliz se eles não estiverem no Quebra-cabeça da Pirâmide.