A migração de aves é a migração anual de aves para regiões mais quentes. Quando chega o outono, muitas espécies de aves dirigem-se para o sul para sobreviver ao inverno frio. Os patos são um deles, e no jogo você ajudará um pato a superar um vôo difícil. Mas primeiro você precisa escolher um personagem entre os heróis apresentados no jogo: Pam, Mac, Tio Dan, Gwen e Dax. Qualquer um deles obedecerá ao seu controle. O enredo de Migration Flappy Duck é que seu pássaro ficou para trás no rebanho. Quando todos os seus parentes voaram, sua asa foi danificada, mas agora está curada e você pode tentar alcançar o rebanho e voar juntos. Mas primeiro você terá que superar muitos obstáculos e bater as asas vigorosamente sem parar em Migration Flappy Duck.