Em uma área remota, em algum lugar no deserto, longe de todos os assentamentos, um laboratório secreto foi construído para realizar experimentos com voluntários. Os experimentos foram realizados por vários anos e, em seguida, pararam devido à sua ineficiência. Vários espécimes experimentais se tornaram monstros terríveis que agora aterrorizam a base. Cinco cientistas estão em perigo e sua tarefa é encontrar e salvá-los em Monster Defense 2.
