Imagine que o habitual lápis clerical ganhou vida e agora está tentando conhecer o mundo ao seu redor. Nosso personagem decidiu ir em uma jornada através do apartamento e você no jogo Pen Run irá ajudá-lo com isso. Seu herói terá que se mover ao longo da linha pontilhada, que será visível na sua frente. O percurso terá muitas voltas e mais voltas. Você precisará manter um lápis estritamente usando as teclas de controle. Ao mesmo tempo, você encontrará vários obstáculos para evitá-los.