Na direção da base espacial localizada na órbita de um dos planetas do espaço, voa um aglomerado de balões coloridos. Tocando a superfície da base, as bolas explodirão e a destruirão. Você no jogo Space Bubbles terá que destruir todos eles. Para fazer isso, você usará um canhão especial que atira com núcleos coloridos especiais. Você terá que cair em um grupo de bolas exatamente da mesma cor com essa carga. Assim, você os destrói e ganha pontos por isso.
