No mundo moderno, existem alguns vírus mortais que causam a morte a vários seres vivos. Hoje em Kill The Microbes você terá que lutar contra algumas de suas espécies. Antes de você na tela, você verá vários microorganismos localizados em diferentes lugares no campo de jogo. Você precisará selecionar um deles e clicar nele com o mouse. Dessa forma, você injeta o medicamento e faz a bactéria explodir. As peças dela que caem em outros microorganismos as destruirão e você receberá pontos por isso.