No jogo Atom War você irá para o mundo onde vivem as menores partículas, que chamamos de átomos. Uma guerra começou neste mundo e você participará dela. Você verá seu átomo vermelho na tela à sua frente. Ele terá um certo tamanho e um pequeno campo de força será visível ao seu redor. Ao redor do seu átomo, outras partículas começarão a aparecer com uma cor azul. Você terá que examiná-los cuidadosamente e encontrar aqueles que são menores que o tamanho do seu personagem. Isso significa que essas partículas são mais fracas que o seu átomo. Você terá que persegui-los e depois atacar. Ao destruir o átomo azul, você receberá pontos e seu personagem ficará maior e mais forte.
