Bubbles 3 é um jogo divertido em que você vai destruir as moléculas diferentes e juntar-se a seus átomos. Você precisa coletar um certo número de átomos para passar para outro nível. E para isso você tem que viajar através das células, na busca de moléculas. Depois de coletar a quantidade necessária, você pode melhorar o seu tanque, aumentando a sua armadura e armas.