Vários protótipos foram criados na Matrix, e um deles, o número 09435, acabou sendo o de maior sucesso. Este é um menino digital que começou a se desenvolver de uma forma incrível rapidamente e logo quis explorar o mundo lá fora. Ele encontrou uma maneira de deixar a matriz e seguiu seu caminho para o Prototype Guy. Os criadores resolveram não atrapalhar o cara, pedem para você ajudá-lo a se adaptar, superando os obstáculos. É necessário pular pontas afiadas e robôs quadrados. A propósito, os robôs podem ser destruídos se você pular diretamente em cima deles. Se o obstáculo não for superado, o herói recomeçará no Prototype Guy.
