O ninja acabava de voltar de uma caminhada e decidiu visitar seu mosteiro natal, onde estudou e seu professor preferido, que lhe deu muitos conhecimentos e lhe ensinou como controlar o corpo e o espírito. Ele encontrou os monges desanimados e em grande frustração. No dia anterior, o samurai vermelho atacou o mosteiro e roubou uma coleção de pedras antigas com runas. Estas são pedras sagradas que foram guardadas no mosteiro durante séculos. Nosso herói jurou devolver tudo o que foi roubado e partiu imediatamente em sua jornada. Ajude o herói em Ninja Run a cumprir sua missão sagrada. O ninja correrá e você o ajudará a pular obstáculos e inimigos a tempo, coletando pedras.
