Na segunda parte do jogo Pandemic 2, você continuará sua missão de destruir toda a humanidade como uma pandemia mortal. O jogo começa com você escolhendo o tipo de doença: vírus, bactéria ou parasita. Você então escolherá um ponto de partida para sua infecção. A partir daí você terá que espalhar sua doença para o resto do mundo. Ao se espalhar pelo mundo, você pode melhorar sua doença e fazer com que as pessoas não sofram com ela. Modifique constantemente o seu vírus para que a humanidade não consiga encontrar uma cura para ele. Então aos poucos você irá destruir toda a população do planeta no jogo Pandemic 2
