A máfia no Japão é chamada de Yakuza e é uma organização criminosa muito séria que opera fora da lei de acordo com suas próprias regras. Se ela precisa de algo, ela atende, independentemente da vida e das necessidades daqueles que estão em seu caminho. Samurai vs Yakuza apresenta um samurai que quer salvar sua vila. Os bandidos gostavam dela por causa do antigo templo que fica em seu território. Neste templo existem várias estatuetas valiosas, que o chefe da Yakuza queria possuir. Nosso herói atrapalhou todo um exército mafioso e, com sua ajuda, repelirá o ataque de ladrões vestidos de preto em Samurai vs Yakuza.
