Um exército de Skibidi Toilets atacou uma grande metrópole e foi uma surpresa completa. Por muito tempo ninguém ouviu falar desses mutantes. Eles foram repetidamente derrotados e expulsos do mundo, e até o exército foi retirado das grandes cidades e redirecionado para bases militares. Aparentemente os monstros do banheiro operam a inteligência em um nível muito alto, por isso enviaram seus combatentes em um momento em que não havia ninguém para proteger a população. É por isso que no jogo Skibidi Ninja você lutará contra eles. Seu herói estará armado com uma espada, mas a manejará com maestria. À sua frente, na tela, você verá um local onde aparecerão Skibidi Toilets se movendo em diferentes velocidades. Você terá que selecionar alvos e acertá-los com golpes devastadores. Isso pode ser feito usando o mouse. Imagine como você desfere um golpe cortante e golpeia o monstro do banheiro enquanto segura o botão esquerdo. Assim você cortará os banheiros Skibidi em pedaços e ganhará pontos por isso no jogo Skibidi Ninja. Tenha cuidado, pois pode haver bombas entre seus oponentes. Você não deve tocá-los em nenhuma circunstância. Se você tocar em apenas uma bomba, ocorrerá uma explosão e você perderá a rodada. Você não tem muitas tentativas disponíveis para completar a missão, por isso é importante ter cuidado e não cometer erros.
