O jogo Ball Trek Genesis Edition convida você a estar nas origens do Universo; todo o processo parecerá um quebra-cabeça com bolas. Na verdade, as bolas azuis são planetas que formarão o sistema solar no futuro. A tarefa é guiar uma série de bolas pelo labirinto para chegar ao portal de saída branco. Durante a movimentação é necessário coletar as baterias e isso é um pré-requisito. Para evitar que as bolas fiquem presas em becos sem saída, você deve usar vários comandos usando as teclas E, C, Q, X. Você pode alterar o controle das bolas, permitindo mover-se tanto para frente quanto para trás. Em cada nível, serão adicionados novos obstáculos que precisam ser colocados em algum lugar para abrir caminho para as bolas em Ball Trek Genesis Edition.