O ninja estudou por muito tempo e finalmente chegou a hora de usar seus conhecimentos e habilidades em Dark Ninja Hanjo. O Sensei informou ao seu aluno que estava pronto para iniciar uma vida independente, mas ao mesmo tempo, o ex-aluno foi convidado a cumprir uma missão muito importante para restaurar a cidade. A missão mostrará o quão preparado o herói está. A cidade está consumida pelas trevas; para libertá-la, você terá que lutar contra demônios ou guerreiros possuídos. O ninja poderá mostrar do que é capaz. Receba instruções do professor; na fase inicial ele acompanhará seu aluno, mas depois você precisará agir por conta própria em Dark Ninja Hanjo.