Enquanto investigava outro caso, o herói do jogo Mystery Subway Escape 2, o detetive Michael, encontrou uma entrada secreta para estações de metrô abandonadas. Poucas pessoas sabem sobre eles. Não estamos a falar de túneis técnicos, mas de estações que já estiveram operacionais, mas que por uma razão ou outra acabaram fechadas e não reclamadas. Restaram alguns equipamentos, coisas e itens que não foram jogados fora porque ainda poderiam ser úteis. É lá que nosso herói buscará evidências e depois uma saída, já que a porta por onde ele entrou foi trancada por alguém em Mystery Subway Escape 2. Aparentemente eles o estavam observando e decidiram se livrar do meticuloso detetive.
