O herói do jogo Counter-Strike: Reboot terá que participar de doze missões com a sua ajuda. Como o conteúdo é mantido estritamente secreto, os objetivos serão revelados conforme você completa a missão anterior. O primeiro se chama Alpha e sua tarefa é repelir o ataque de terroristas que desejam capturar sua base. Em outras missões você terá que realizar outras tarefas, como: libertar reféns, destruir bases terroristas, limpar minas, e assim por diante. Todas as missões são limitadas no tempo, você precisa resolver problemas de forma rápida e eficiente em Counter-Strike: Reboot.
