Um trem especial que vai da Antártica à selva pode deixar de existir, e o motivo se deve à deterioração dos trilhos da ferrovia. Os animais, com medo de perder o único meio de transporte que lhes permite viajar, pediram ajuda a Diego no Go Diego Go! Resgate Ferroviário de Diego. O menino está pronto para ajudar, envolvendo você na implementação de seu plano. Trata-se de consertar a estrada, mas primeiro é preciso colocar todos os animais nas carruagens. Os passageiros concordam em viajar apenas na companhia de sua própria espécie, portanto, há um transporte separado para pinguins, veados, ursos e assim por diante. Quando todos os animais estiverem colocados, o trem iniciará sua jornada e antes de cada parada você deverá montar a estrada como um quebra-cabeça girando seções individuais em Go Diego Go! Resgate Ferroviário de Diego.
