Em Ben 10: Brains vs Bugs, você terá que ajudar um engraçado alienígena verde a libertar seus amigos sequestrados. À sua frente, seu personagem ficará visível na tela, que estará localizado em um determinado local. Usando as teclas de controle, você guiará suas ações. Seu herói terá que percorrer uma determinada rota, superando várias armadilhas e outros perigos. No caminho, ele coletará moedas de ouro e outros itens úteis que lhe renderão pontos no jogo Ben 10: Brains vs Bugs e poderão dar ao personagem vários tipos de bônus. Além disso, seu personagem terá que lutar contra os insetos que encontrarão em seu caminho.