No jogo Jump Box Ninja, vamos entrar no mundo onde as pessoas da caixa vivem. Mesmo neste mundo há uma casta de guerreiros Ninja, vamos nos familiarizar com um deles. Este guerreiro vai hoje passar por um curso de obstáculo mortal para se tornar um mestre de artes marciais. Você verá seu herói na tela. De lados diferentes pulará lanças afiadas, que quando atingidas em nosso personagem apenas o matam. Você terá que adivinhar o momento e fazer com que o personagem pule. Assim, ele voará sobre território perigoso e você seguirá em frente.