Certa manhã, os habitantes da cidade de Metrópolis viram como uma multidão de naves espaciais desceu do céu, de onde surgiram os recém-chegados. Eles imediatamente abriram fogo contra civis e começaram a caçá-los. O bravo herói que sempre defendeu a cidade deve novamente lutar. Estamos no jogo Superman: Theme is Aliens ajudará o Superman a defender sua cidade e destruir oponentes. Nosso herói terá que ser guiado pelo radar, que lhe dirá onde estão os soldados alienígenas. Depois disso, correndo até eles, você terá que atacar o inimigo. Você pode matá-los com socos ou usar as super habilidades de seu herói.