No mundo dos pixels começou uma grande operação anti-terrorista. Levará as melhores forças especiais. Você no jogo Pixel Warfare One poderá participar deste conflito escolhendo qualquer uma das partes. Assim que você fizer isso, seu personagem será transferido para um local especial onde as lutas ocorrerão. Você tem que passar por ele procurando por seus oponentes. Quando detectado, abra fogo de sua metralhadora e destrua todos os rivais. Após a morte, você pode pegar as munições e armas descartadas.