Na história da Secret Lagoon, você encontrará Paul. Ele é um marinheiro de terceira geração e viaja frequentemente em seu pequeno barco sob a vela. O herói gosta de explorar novos lugares, fazendo longas viagens. Desta vez ele teve uma sorte fabulosa, ele encontrou uma lagoa, que não está marcada em nenhum mapa. Parecia estranho, porque praticamente não havia pontos brancos, toda a ilha foi marcada e investigada, e por algum motivo eles perderam essa lagoa. O capitão vai ancorar e examinar o local em detalhes. Ele quer descobrir pelos objetos encontrados que estavam aqui antes dele e por que agora está deserta.