Em um futuro distante, os cientistas aprenderam a reduzir objetos a tamanhos microscópicos. Hoje, no jogo Spore Hunter, eles decidiram enviar o piloto em uma aeronave especial para explorar o mundo micro. Seu herói terá que voar por uma certa rota e explorar este mundo. Criaturas que consistem em esporos atacarão nosso herói. Os números inseridos serão visíveis neles. Eles significam quantos acertos você precisa fazer na criatura para destruí-la. Você habilmente manobrando em seu navio atirará nele com sua arma e destruirá esporos.