O mundo dos habitantes da geléia é grande e diversificado, e entre eles existe um clã de guerreiros ninjas. Eles diferem das geleias comuns com um curativo preto, enquanto elas próprias podem ser de qualquer cor. Este clã também desafia você no jogo Jelly Ninja. Você só precisa escolher o modo de jogo: por um tempo ou contra erros. O modo programado assume que você toca por um minuto, mas pode durar se você pegar um despertador voando. No modo sem erros, você tocará até que a balança à direita fique completamente vermelha, e isso acontecerá se você perder um certo número de geleias antes de cortá-las. Existem muitos ninjas de geleia que não podem ser derrotados com o golpe de uma espada.