Naruto há muito tempo não é o adolescente inquieto que não conhece suas habilidades, mas ainda é difícil chamá-lo de uma sábia experiência ninja. No entanto, ele tem uma equipe e eles estão prontos para lutar com as forças das trevas pelo direito de se tornar um grande líder shinobi. Na fase do jogo Ninja Runner Runato, você pode ajudar o herói a derrotar os próximos inimigos, cujo fluxo não seca. O número de oponentes é grande e o herói fica em alta velocidade. Ele corre rápido, e você o faz reagir aos obstáculos que se aproximam, animados e inanimados.