O ninja corajoso Kyoto recebeu uma tarefa do chefe de sua ordem de penetrar na propriedade guardada de um aristocrata e roubar documentos secretos de lá. Você no jogo Endless Ninja irá ajudá-lo a completar esta missão. Seu personagem se moverá na estrada gradualmente ganhando velocidade. No caminho, encontraremos vários tipos de armadilhas. Seu herói que se aproximar deles terá que saltar sob sua orientação. Assim, ele voará pelo ar através dessas seções perigosas da estrada. Às vezes, você encontra vários tipos de objetos e moedas espalhadas por todo o lado. Você terá que tentar coletar todos eles.