Enquanto viajava pelos confins da galáxia, um astronauta chamado Tom descobriu um planeta habitável. Claro que ele decidiu investigá-la. Tendo pousado na superfície do planeta em sua nave, nosso herói foi à superfície e partiu em uma jornada. Você no jogo Aliens In Charge o ajudará nesta aventura. Seu herói terá que seguir uma certa rota e superar muitos obstáculos e armadilhas localizadas na estrada. Nesse caso, você terá que coletar vários itens espalhados pela estrada. Como se viu, o planeta é habitado por uma raça alienígena agressiva. Eles vão te atacar, tentando te matar. Seu herói estará armado com armas de fogo. Tendo notado o inimigo, você terá que mirar nele a visão de sua arma e disparar. Se sua visão for precisa, as balas que acertam o inimigo o destruirão e, por isso, você ganhará pontos. Lembre-se de que se você não tiver tempo para reagir a tempo, o inimigo o atacará e seu personagem morrerá.