Em um dos planetas distantes, os pesquisadores descobriram a entrada para o antigo labirinto. Em Shy Eye Labyrinth: The Incredible Mystery, você terá que se infiltrar e explorar. O labirinto em si consiste em vários níveis. Você começará sua jornada desde o início. Para chegar ao segundo andar do labirinto, você precisará encontrar uma chave que estará escondida em algum lugar da masmorra. Você precisará caminhar pela masmorra e examinar tudo cuidadosamente. No caminho, você encontrará vários tipos de armadilhas que deverá contornar. Se você cair na armadilha, morrerá e falhará em sua missão.