O bravo cavaleiro Thomas vai hoje às áreas remotas do reino para limpar vários tipos de masmorras de monstros. Você no jogo Hexa Dungeon irá ajudá-lo nessa aventura. Uma masmorra aparecerá na tela à sua frente, na qual seu herói e seu oponente estarão. Na parte inferior do campo de jogo, ícones de cores diferentes serão localizados. Cada ícone é responsável por uma ação específica do cavaleiro. Por exemplo, se você deseja realizar um ataque poderoso contra o inimigo, procure os ícones de cores correspondentes ao lado. Ao conectá-los com uma linha, você forçará seu herói a atacar e ferir o inimigo.