A guerra estourou entre as duas ordens de ninja. Você no jogo Ninja Versus Ninja participará desse confronto. No início do jogo, você deverá escolher seu personagem. Sob ele, você receberá armas e munições. Depois disso, seu herói estará em uma determinada área. Seu oponente estará na extremidade oposta do local. Ao sinal, você terá que se mover em sua direção. Assim que você chegar perto, o duelo começa. Você pode atacar com sua espada ou usar armas de arremesso. Sua tarefa é matar o inimigo o mais rápido possível e ganhar pontos por isso. Ele também irá atacar você. Você terá que se esquivar de seus golpes ou bloqueá-los com sua espada.