Um jovem garoto Kyoto juntou-se à ordem secreta dos guerreiros ninja. Ele foi enviado para as montanhas em um templo especial, onde fica a Academia, onde são treinados todos os primeiros guerras. Hoje nosso herói tem uma sessão de treinamento e você o ajudará a conduzi-lo no jogo Ninja Academy. À sua frente, na tela, você verá seu personagem, que está parado no pátio do templo. Um painel especial com teclas de controle estará localizado abaixo dele. Com a ajuda dela, você dirigirá as ações de seu herói. Objetos aparecerão na frente dele de vários lados. Você que lidera o herói terá que infligir golpes precisos sobre eles com a ajuda das mãos ou dos pés. Cada golpe certeiro seu trará um certo número de pontos. Depois de praticar os golpes, você passará a desenvolver várias técnicas.